Thomas Passelande – un orphelin de quatorze ans – vit une existence sans histoire en compagnie de sa grand-mère Honorine. Jusqu'au jour où il découvre qu'il possède le pouvoir de pénétrer dans un univers parallèle, le mystérieux monde d'Anaclasis. Un monde où les villes sont d'immenses organismes doués de raison flottant dans les airs, les sables mouvants de terribles prédateurs et les nuages le terrain de jeu d'immenses vers, non moins redoutables. Un monde où les hommes ont apprivoisé l'étonnante vibration fossile, qui leur permet de se déplacer à la vitesse de la pensée ou de transformer le son en une arme surprenante.

D'aventures en rencontres, Thomas apprend qu'il appartient à l'ordre respecté des Passe-Mondes et qu'un destin hors du commun l'attend depuis toujours. Mais chaque fois qu'une réalité se dévoile, de nouvelles questions surgissent en plus grand nombre encore. Qui est-il exactement ? D'où lui viennent ses talents hors-normes ? Qu'attendent de lui les habitants des Animavilles et ceux des Villes Mortes ? Qui sont les mystérieux guerriers Passe-Mondes qui semblent veiller sur lui depuis Anaclasis ? Quel est l'objectif secret des membres du projet Atlas dans son monde d'origine ? Et puis surtout... qui est le maître de l'île de Ténébreuse, qui a lancé ses sinistres légions d'hommes-scorpions et d'Effaceurs d'Ombres à l'assaut du monde libre, et qui semble rechercher l'alliance de Thomas ?

Les périls s'amoncèlent pêle-mêle devant l'adolescent. Sur sa route se trouvent les clefs du plus grand mystère de tous les temps...